La carrera de Medicina de la Facultad de Ciencias Médicas de la Universdiad Nacional de Caaguazú se encuentra en proceso de acreditación en el Sistema ARCU SUR, que  es el Sistema de Acreditación Regional de Carreras Universitarias, es resultado de un Acuerdo entre los Ministros de Educación de Argentina, Brasil, Paraguay, Uruguay, Bolivia y Chile, homologado por el Consejo del Mercado Común del MERCOSUR a través de la Decisión CMC Nº 17/08.